长雄野生稻（Oryza longistaminata）是非洲的一种野生稻，拥有众多优良性状，如地下茎、自交不亲和以及抗虫、抗病等性状，这些性状将为科学家改良目前的栽培稻提供重要的遗传资源。长雄野生稻基因组的解析无疑将是更加有效利用其基因资源的关键一步。然而由于长雄野生稻自交不亲和导致了其基因组的高杂合度（1.3% estimated by k-mer distribution），这为解析长雄野生稻基因组带来了非常大的挑战。

中国科学院昆明动物研究所王文研究组与云南省农业科学院粮食作物研究所胡凤益研究组、华大基因、美国亚利桑那大学、昆明理工大学、中国农业科学院作物科学研究所等6家单位合作，利用二代测序技术（Illumina GA2, Hiseq2000以及Roche GS FLX+）对长雄野生稻进行了大量测序，通过混合组装技术成功组装出高质量的长雄野生稻基因组。随后研究人员对长雄野生稻与近缘物种的分歧时间、基因的收缩扩张等进行了分析。同时，针对长雄野生稻的地下茎以及自交不亲和性状，研究人员测序了8个相关组织的转录组并进行了比较转录组学的研究，成功鉴定出一批可能影响以上2个性状的候选基因以及代谢途径，这为进一步解析地下茎以及自交不亲和分子机制提供重要的线索。

该研究成果以Genome and Comparative Transcriptomics of African Wild Rice Oryza longistaminata Provide Insights into Molecular Mechanism of Rhizomatousness and Self-Incompatibility 为题发表在Molecular Plant 上。王文研究组张业胜、刘晖，胡凤益研究组张石来、李丽娟以及中国农科院研究员傅彬英为共同第一作者，胡凤益、王文以及美国亚利桑那大学教授Rod Wing 为该文共同通讯作者。

该研究得到了国家自然科学基金、“973”项目以及云南省科技厅资助。