2015年10月14日，依托国家重大科技基础设施组建的国家蛋白质科学中心(北京基地)正式开始试运行。北京市副市长隋振江、总后勤部副部长李书章、中科院副院长张亚平，中央单位和市属单位以及军事医学科学院等建设单位领导出席活动。市科委党组成员、北京科技协作中心主任季小兵代表北京市科委出席活动。
　　国家蛋白质科学中心(北京基地)位于中关村生命科学园内，由军事医学科学院、清华大学、北京大学、中科院生物物理研究所等单位共同建设。其重点建设蛋白质组分析系统和功能蛋白质组研究系统，同时建设以生物信息学、蛋白质/抗体制备、生物资源库、模式动物等为核心的支撑系统。该中心还承担了国家科技部“中国人类蛋白质组计划（CNHPP）”研究工作。
　　落成后的国家蛋白质科学中心(北京基地)毗邻北京生命科学研究所、北京蛋白质组研究中心、生物芯片国家工程研究中心、蛋白质药物国家工程研究中心、北京大学国际医院等多家高水平的科研机构和产业化基地。中心大楼面积近4万平米，拥有高通量、高精度的蛋白质组研究平台、蛋白质功能分析平台、生物信息学平台、转化医学平台以及实验动物中心、生物样本库等系列配套设施，形成系统完善的蛋白质研究体系，主要开展蛋白质组学、代谢组学、蛋白质功能等创新研究，目前已经具备世界领先的蛋白质组大数据产出能力，将为全世界提供高水平和一站式的蛋白质组分析服务。其研究成果将广泛应用和服务于疾病诊断标志物、新药创制、传染病防治、农作物改良、生物能源转化等多个领域发展。

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